Ой. Я б такие выверты лучше не пробовал.
Для систем до 2.8 - вот наработочка:
<?php
include "./mysql.php";
$sql = "DELETE FROM cms3_hierarchy WHERE is_deleted = '1'";
mysql_query($sql);
?>
Помещаем в корень, рядом с mysql.php, запускаем из браузера, ждем немного и всё! Корзина чиста!