если я правильно понимаю, то весь ввод информации происходит на одной страницы с использование js логики. При нажатии кнопки "отправить", форма отправляет все данные заполненные на этой странице, в том числе и итоговую стоимость доставки. Скрипт на который ссылается форма должен сохранить стоимость и тип доставки. В коде это можно сделать таким образом
$order = $this->getBasketOrder(false); // макрос должен лежать в модуле emarket иначе метод getBasketOrder будет не доступен
$deliveryId = getRequest('delivery-id'); // предполагаем что в вашей форме было поле с name "delivery-id", в котором была записан id способа доставки
$deliveryPrice = (float) getRequest('delivery-price'); // предполагаем что в вашей форме было поле с name "delivery-price", в котором была записана стоимость
$order->setValue('delivery_id', $deliveryId);
$order->setValue('delivery_price', $deliveryPrice);
$order->refresh();