Когда-то давно разбирался с этим на версии 2.8.5. Суть в том, что для MySQL регистр не имеет значения. Поэтому, допустим, мы запрашиваем страницу /quality/. Запрос
SELECT id FROM cms3_hierarchy WHERE alt_name = 'quAlity'
вернет то же, что
SELECT id FROM cms3_hierarchy WHERE alt_name = 'quality'
Запрос формируется методом query в файле /classes/system/subsystems/database/mysqlConnection.php
Чтобы MySQL реагировала на регистр, нужно его переписать в виде
SELECT id FROM cms3_hierarchy WHERE BINARY alt_name = 'quAlity'
либо задать таблице кодировку регистрозависимую. Кодировка, оканчивающаяся на _ci регистронезависимая, а именно такая используется в ЮМИ.
В части СЕО. Хоть я и считаю его лженаукой, но здесь сеошники правы. В отличие от имен доменовб url регистрозависимы: image.jpg, image.JPG и Image.jpg - это три разных файла (если только вы не хоститесь на Windows, что вряд ли). А поскольку директории - это те же самые файлы, то они тоже регистрозависимы. Надеюсь только, что поисковики умнее, и понимают, что если владелец сайта пишет адреса в разном регистре, то это не от хорошего знания спецификации, а от невнимательности.